1. Start-Knopf:
Mit dem Start-Knopf kannst Du entweder das Spiel unterbrechen (Pause), oder eine Wahl auf einem Menü oder der Karte bestätigen. Wenn du ein unterbrochenes Spiel weiterspielen möchtest, drücke erneut auf den Start-Knopf. In einigen Fällen kannst Du das Spiel nicht sofort stoppen. Drücke dann nicht laufend auf den A-Knopf.

2. Select-Knopf:
Mit dem Select-Knopf kannst Du während des Spiels Deinen Blickwinkel verändern oder den Cursor innerhalb eines Menüs oder der Karte bewegen. Für weitere Informationen über die Änderung deiner Sicht, siehe Seite "Wechsel deiner Sicht". In StarFox 2 kann man mit dieser Taste seinen Arwing in einen Space-Roboter oder Boden-Roboter verwandeln und zurück.

3. Steuerkreuz:
^ drückt den Steuerknüppel nach vorne. Der Arwing setzt zum Sturzflug an.
< und > auf dem Steuerkreuz lenkt den Arwing nach links oder nach rechts.
v zieht den Steuerknüppel nach hinten. Der Arwing setzt zum Steilflug an.

4. L-Knopf:
Dreht den Arwing auf die linke Seite. Hilft beim Steuern durch enge Passagen und beim schnelleren Fliegen nach links und rechts (L + Steuerkreuz links oder rechts). Wenn man den L-Knopf 2x schnell hintereinander drückt dreht sich der Arwing um die eigene Achse. So kann man Laserangriffe abwehren und Gegner abschütteln, die an einem Haften. Desweiteren dreht er den Roboter (Roboter-Modus) nach links.

5. R-Knopf:
Dreht den Arwing auf die rechte Seite. Hilft beim Steuern durch enge Passagen und beim schnelleren Fliegen nach rechts und links (R + Steuerkreuz links oder rechts). Wenn man den R-Knopf 2x schnell hintereinander drückt dreht sich der Arwing um die eigene Achse. So kann man Laserangriffe abwehren und Gegner abschütteln, die an einem Haften. Desweiteren dreht er den Roboter (Roboter-Modus) nach rechts.

6. X-Knopf:
Du erhältst eine momentane Beschleunigung durch die Schub-Raketen.

7. A-Knopf:
Feuert eine Nova-Bombe ab. Drücke A-Knopf um zu feuern und erneut, um die Bombe zum explodieren zu bringen. Die Bombe explodiert automatisch, wenn sie irgendetwas trifft oder eine bestimmte Distanz von deinem Flieger entfernt ist. Je näher sich ein gegner am Zentrum der Explosion befindet, desto größer sind seine Schäden.

8. B-Knopf:
Deine Fluggeschwindigkeit wird für kurze Zeit durch "Retro"-Raketen ("Retro-Rockets") gebremst.

9. Y-Knopf:
Feuert deine Blaster ("Laser Blaster")
In StarFox 2 kann man durch gedrückt Halten der Taste die Waffe aufladen und somit größeren Schaden anrichten.